Núi Fuji nằm ở nơi điểm nối ba của rãnh đại dương, nơi có mảng Á-Âu, mảng Bắc Mỹ và mảng Philippines gặp nhau. Ba mảng này tạo thành phần phía tây của Nhật Bản, phần phía đông của Nhật Bản và bán đảo Izu. Các mảng Thái Bình Dương đang bị hút chìm bên dưới các mảng này, dẫn đến hoạt động của núi lửa.
